Los archipiélagos de Cortegada, Sálvora, Ons y Cíes que forman el Parque Nacional Marítimo Terrestre de las Islas Atlánticas de Galicia, y el contrastado paisaje verde azulado que los caracteriza, están, por el hecho mismo de ser islas, fuertemente influenciados y ligados al mar. En este contexto, es fácil entender que el valor ecológico del medio marino sea incalculable, y que entre sus aguas se conserven algunos de los ejemplos más representativos de ecosistemas marinos atlánticos, los cuales atesoran una gran riqueza biológica.

El medio marino del Parque es un mosaico de hábitats distintos que sustentan una extraordinaria diversidad de especies de flora y fauna. Son importantes comunidades como los bosques de algas pardas (Saccorhiza polyschides y Laminaria spp.), o las asociadas a fondos como los de Mäerl, y también encontramos hábitats definidos como de interés comunitario o prioritarios dentro de la Directiva Habitats de la Unión Europea, como los arrecifes, lagunas, o bancos de arena cubiertos permanentemente por agua marina poco profundos.

El estado de conservación de estos ecosistemas marinos es en general bueno, aunque son susceptibles de verse dañados por algunas actividades humanas, como en el caso de la contaminación por hidrocarburos procedentes del tráfico marítimo o por otros contaminantes provenientes de la ría. También existe riesgo de sobreexplotación de recursos pesqueros y de uso de artes y técnicas de pesca dañinas para el medio marino. El trabajo del Parque Nacional para evitar que esto suceda consiste en vigilar el cumplimiento de la normativa existente y en regular las actividades que se llevan a cabo dentro de su territorio para que se desarrollen de forma sostenible, de forma que los ecosistemas naturales no se vean afectados.

En cuanto al medio terrestre, fuertemente influenciado también por la proximidad del océano, destacan los sistemas dunares, los acantilados y los matorrales de tojo y brezo. También en la parte emergida de las islas encontramos hábitats considerados como de interés comunitario o prioritarios por las directivas europeas, como las dunas grises, los matorrales litorales aerohalinos o los brezales húmedos atlánticos meridionales.

El principal problema para la conservación en este medio ha sido la presión humana. En las islas, sobre todo en Cíes, las plantaciones de eucaliptos, pinos y acacias han desplazado en varias zonas a la vegetación autóctona. La erradicación de estas especies alóctonas es un proceso a muy largo plazo en el que ya se está trabajando, cuyos resultados se apreciarán de forma gradual.

El pisoteo representa también un problema que afecta sobre todo a la vegetación de playas y dunas, en las que la presión turística se deja sentir especialmente, por lo que se está actuando para que estas zonas de alto valor ecológico no resulten irreversiblemente dañadas. Los vallados que rodean parte de los sistemas dunares que encontramos en las Islas Atlánticas responden a esta necesidad de protección de estos frágiles y valiosos ecosistemas.

En la actualidad se están llevando a cabo actuaciones para desarrollar una adecuada gestión del uso público, los residuos en las islas, la navegación y fondeo de embarcaciones, la pesca y el marisqueo, etc. Todo ello debe ir unido a una mejora del conocimiento científico sobre el medio que sirva de base para una mejor gestión, por lo que se están realizando estudios para disponer del mayor número de datos posible sobre el medio natural y los aspectos culturales del Parque. El Plan Rector de Uso y Gestión del Parque Nacional, que constituye el principal instrumento de gestión, está en proceso de elaboración, y en un futuro también se elaborarán probablemente varios planes sectoriales que regulen aspectos más concretos de la gestión, como un plan de ordenación de los recursos marinos o un plan de uso público.

En noviembre de 2002 el petrolero Prestige, que transportaba una carga de fuel-oil de 77.000 toneladas, se partió en dos y se hundió en el mar, a 130 millas del cabo Finisterre. Parte del fuel fue llegando sucesivamente a las costas gallegas, y las manchas alcanzaron el Parque Nacional de las Islas Atlánticas de Galicia el día 3 de diciembre. De los cuatro archipiélagos que forman parte del Parque, el de Cortegada fue el único que no se vio afectado, al estar situado al fondo de la Ría de Arousa. De este modo, el Parque Nacional recién declarado tuvo que modificar todas sus prioridades de gestión para dedicar, durante el primer año, la mayor parte de sus medios y esfuerzos a las tareas de limpieza. Después de muchas jornadas de trabajo en las que se llevaron a cabo tareas de limpieza manual, de hidrolimpieza y de retirada de hidrocarburos de los fondos marinos, en la actualidad únicamente queda fuel solidificado en zonas rocosas que suman una superficie de 1 hectárea en los archipiélagos de Ons, Sálvora y Cíes.