Monfragüe es uno de los mejores enclaves de bosque mediterráneo, presentando además algunos vestigios de carácter atlántico y continental. Los cursos de los ríos Tajo y Tiétar forman el eje articulador del parque, encajado en una estrecha garganta, entre dos alineaciones de sierras de cuarcitas y pizarras.

De estas características bióticas y abióticas deriva la gran variedad de ecosistemas que conforman el Parque y su entorno, lo que junto a su buen estado de conservación, hacen que su principal característica sea su biodiversidad.

Así, además de los característicos encinares, alcornocales, madroñales, jarales y brezales, aparecen también otros enclaves con especies caducifolias como quejigos, arces en las laderas de umbría, o bien fresnos y alisos en los sotos de ríos y arroyos.

Los rasgos biogeográficos de este territorio, junto con la variedad de la estructura y composición de las comunidades vegetales y el escaso grado de intervención antrópica, favorecen el mantenimiento de numerosas especies de la fauna, gravemente amenazadas en su área de distribución pero que gozan en este área de una excepcional representación; son especies de gran importancia para la preservación de la diversidad genética propia del Mediterráneo. Entre estas especies destacan por su interés científico, singularidad y vulnerabilidad el águila imperial ibérica, el buitre negro, la cigüeña negra y el lince ibérico.

Bordeando el Parque se encuentra la dehesa, ecosistema modelado por la mano del hombre, y ejemplo de equilibrio hombre-naturaleza. Es aquí donde las grullas, venados y jabalíes, cigüeñas y garcillas, se alimentan junto al ganado que pasta el rico alimento sombreado por encinas y alcornoques. Sobrevolando la dehesa veremos a las grandes rapaces que, junto a pequeños pajarillos, se alimentan de sus productos.